病因尚未明了，有学者认为病因病理是由于骨内血管末梢阻塞，血液瘀滞所致；也有认为本病系某种肿瘤、炎症组织的退行性变，其生长、代谢阻碍的结果或与骨发育异常有关；也有认为可能系外伤出血形成局限性包囊，进而局部吸收骨化而成。骨囊肿内含有浆液和浆液素性液体，一般开始于骺板的附近，逐渐膨胀，占满整个干骺端和骨干的一部分，内侧的密质骨被吸收，但外侧的骨膜反应骨盖住病损，骨密质可以很薄，容易发生病理性骨折。有时因出血而呈红棕色或血色。囊壁为灰白色或黄色的薄层的纤维组织，且有许多骨嵴伸入囊腔。镜下所见：较多纤维组织中有骨样组织或骨组织，有少数散在的多核巨细胞。